日内瓦大剧院芭蕾舞团的历史可以追溯到19世纪初期,最初它坐落于巴思泰,后发展成为如今的日内瓦大剧院。从20世纪初开始,爱弥尔·雅克·达尔克罗兹和恩奈斯特·安塞美在音乐方面极大地影响了日内瓦芭蕾舞界,也正是这两位音乐家将以佳吉列夫为代表的俄罗斯芭蕾和尼金斯基的芭蕾风格引入到当地。
第二次世界大战期间及战后一段时间里,日内瓦大剧院芭蕾舞团编排了大量经典的群舞、双人舞以及歌剧伴舞。1951年日内瓦大剧院不幸毁于一场大火,在之后很长的一段时间里,只有当地的赌场承办过几次巴黎歌剧院芭蕾舞团的演出,直到20世纪最伟大的芭蕾大师之一——莫里斯·贝嘉,在大剧院重建后接手芭蕾舞团,才使舞团又焕发勃勃生机。
1962年,为纪念日内瓦大剧院涅槃重生,艺术指导雅尼内·莎莱扩充了芭蕾舞团的阵容。继莎莱之后,赛尔·戈洛文接任艺术总监一职,他曾是一代享誉世界的古典芭蕾大师。从1964到1969五年时间里,他不仅作为编舞和首席舞者呈现给观众大量优秀的作品,而且是一位桃李满天下的老师。
1988至1989演出季伊始,曾担任芬兰国家芭蕾舞团和瑞典卡尔伯格芭蕾舞团艺术总监的格拉迪米尔·潘科夫执掌了日内瓦大剧院芭蕾舞团。在他的带领下,舞团逐渐摆脱了古旧单一的模式,翻开了崭新的篇章,众多世界级的客座编舞们为舞团带来了多元化的风格。
2009年,由托比亚斯·李希特出任舞团的艺术总监,继续为舞团注入新鲜血液。随着在北美、南美、澳洲、亚洲巡演的开展,舞团将其舞台魅力带向了更多喜爱精致艺术的观众。