昆山腔从唱腔音乐特点来说,属于南曲系统,但实际上集中继承了南北曲两大系统的成就。昆剧所使用的曲牌有一千种以上,除主要部分承受了元代的曲子外,还有后来的音乐在内。如唐代大曲中有(六么)、(梁州)、伊州)等,到宋代杂剧中就有《崔护六么》、《草莺六么》、《四僧梁州》、《铁指甲伊州》等戏,昆剧曲牌中有(六么序)、(六么令)、〔梁州第七)、(伊州三台)等,它们之间必然有继承关系。更具体的如唐宋大曲〔薄媚)、本杂剧有《九妆薄媚、还有董颖《四子词》用(道宫薄媚)曲辞一套,而昆剧所唱《拜月事亭》有(薄媚衮),《琵琶记》蔡伯喈《辞朝》"又有〔薄媚)曲被一套。宋代盛行的唱赚,原由(太平令)或"赚鼓板"的音乐创造而来,昆剧中就有(太平令)、(太平赚)、(鼓板赚〕等曲。宋金时流行的诸宫调,所用很多曲牌也被吸收在昆山腔里。唐宋以来的词调,如(浪淘沙)、(风入松)、(贺新郎)、(点绛唇)、(念奴娇)、(高阳台〕、(粉蝶儿)等,用于昆剧中就更多。此外,还有不少民歌,宗教歌曲和一些少数民族的乐曲。昆剧的乐曲成份虽很为复杂,但它的主干是南北曲的曲牌体结构。
魏良辅等人改革昆山腹的主要成就是"水磨腔"。这种新腔奠定了昆剧演唱的特色。"水磨腔"充分体现在南曲的慢曲子(即"细曲")中,具体表现为放慢拍子,延缓节奏,以便在旋律进行中运用较多的装饰性花腔。尤其是"赠板曲",即将4/4拍的曲调放慢成 8/4 ,突出表现字音的一字数转,声调清柔委婉,并对字音严格要求"平、上、去、人逐-考究,务得中正"。每唱一个字,注意咬字的头、腹、尾,即吐字、过腔和收音;"细曲"更有"转音若丝"的特点。王怡庵曾总结说:"谐声发调,虽复余韵悠扬,必归本字,此宇宙间不易之程,非独家事也。"
相对地说,北曲的声情偏于跌宕豪爽,跳跃性强。它使用七声音阶和南曲用五声音阶(基本上不用半音)不同,但在昆山腔的长期吸收北曲演唱过程中,原来北曲的特性也渐渐被溶化成为"南曲化"的演唱风格,因此在昆剧演出剧目中,北曲既有成套的使用,也有单支曲牌的摘用,还有"南北合套"。例如《单刀会》里的关羽唱,用的是一整套北曲,曲牌依次为:双调(新水令)、〔驻马听)、(胡十八)、(沽美酒)、(太平令)、(沉醉东风〕、〔庆东原)、(雁儿落〕、(得胜令)、(搅筝琶)、(尾);(长生殿》的《酒楼》郭子仪唱,用的是商调〔集贤宾)一套等。按照惯例,北曲一套应由一个角色唱到底,南曲没有这种限制。如《琵琶记》的《坠马》全用南曲,几个角色都有唱段,但在(哭岐婆)后插入了一支北曲(叨叨令),配合剧情的需要,十分妥贴。"南北合套"的使用很有特色:一般情况是北曲由一个角色皮唱,南曲则由几个不同的角色分唱。妙《牡丹亭》的《硬拷》,生扮柳梦梅唱北曲(新水令),接着是外扮杜宝唱南曲〔步步娇),以下是生唱(折桂令)(北),外唱(江儿水)(南),生唱〔雁儿落〕(北),净投苗舜宾唱(侥侥犯)(南),生唱(收江南)(北),净、众合唱〔园林好)(南),生唱〔沽美酒)(北),和(尾),结束全出。以上这几种南北曲的配合使用办法,完全从剧情出发,使音乐尽可能完美地服从戏剧内容的需要。
从南北曲本身的变化税,尚有"借宫"、"犯调"、"集曲"等多种手法。原来联成一套的曲子,无论南北曲,都有属于那一宫调的曲子问题。当唱曲要求情绪显著变化时,同一宫调内的曲子不能胜任,就可借用其他宫调的合适曲子。如《牡丹亭·惊梦》,先后所用的曲牌是(山坡羊)(商调)、〔山桃红)(越调)、〔鲍老催〕、(黄钟宫)、〔绵搭絮)(越调),这些不同宫调的曲牌用在一出戏中,打破了一出戏只用一个宫调到底的格局。这样的例子并不少见。统的称呼把这种处理手法命日"借宫"。