萧友梅在留德期间所作《D大调弦乐四重奏》是我国第一部弦乐四重奏。所作以中小学校学生为对象的《今乐初集》(1922)和《新歌初集》(1923)，是我国最早出版的两本教材歌曲和个人作品专集;收入前者的《问》，为其最有影响的代表作，曾在当时的青年学生和知识分子中广为传唱，1924年为纪念“五四运动”5周年而作的《五四纪念爱国歌》，则是我国最早讴歌这场伟大运动的曲作。而作于1930年的《秋思》则是我国第一首大提琴独奏曲。作为一校之长，萧友梅主持校政也颇具远见卓识和为后人仿效的创举。学校成立之初，他即根据国情，于传授西方作曲理论及表演艺术的各学科组之外，增设传授我国民族乐器演奏技术的国乐组，并亲自主讲有关我国古代音乐史的“旧乐沿革”。从1930年起，又与黄自等先后发起成立乐艺社和音乐艺文社，组织力量编辑出版校刊《音》和《乐艺》、《音乐杂志》、《音乐月刊》、《林钟》等定期或不定期刊物。学校工作之余，萧友梅还从事著述和创作，编撰小提琴、和声学、普通乐学等教科书。

　　萧友梅不仅是一位杰出的音乐教育家，更是一位爱国者。他始终关注民族命运的安危。1928年“五卅惨案”发生后，他曾创作过乐曲《国难歌》和《国耻》。1931年“九一八”事变后的第五天，萧友梅主持的国立音乐专科学校就成立了抗日救国会，萧友梅率师生为抗日义勇军募捐了一千多元，汇寄给黑龙江马占山军，他还为义勇军创作了一首歌曲《从军歌》 ，传唱一时。

　　抗日战争全面爆发之后，音专在江湾建成的新校舍遭到了敌机的轰炸。萧友梅组织人员在1937年10月迁到马斯南路(今思南路)坚持办学。一年后，又将学校一分为三。到1939年9月，音专再迁公共租界爱文义路(今北京西路)的一幢残破的楼房中。在抗日战争的艰苦危险的环境中，萧友梅的音专一直没有停止教学，一直坚持到抗战胜利。

　　萧友梅早年患有肺结核病，因长期积劳，身体健康每况愈下。但他仍然每天办公，主持校务并为学生讲课。1937年11月，萧友梅在音专创办的《音乐月刊》发刊词中写道：“在此非常时期，必须注意利用音乐唤起民众意识与加强民众爱国心。”1940年汪精卫成立汉奸政府，敌伪利用留日与同盟会的老关系威逼利诱，妄图拉萧友梅下水。此时的萧友梅，虽然贫病并加，且处于险恶的环境中，但他毫无所动，显示了高贵的民族气节。

　　1940年12月31日，因结核菌侵入肾脏，萧友梅在上海体仁医院病逝，享年56岁。

　　萧友梅在音乐创作和音乐学方面也有显著成绩，音乐作品主要有弦乐四重奏《小夜曲》(1916，为中国第一部重奏作品)，钢琴曲《哀悼引》、《新霓裳羽衣舞》，大提琴曲《秋思》及《问》、《五四纪念爱国歌》等100多首声乐作品，音乐学著作主要有《和声学》、《普通乐学》、《中西音乐的比较研究》、《古今中西音阶概说》、《中国历代音乐沿革概略》等。

　　据天津大学网站证实：原创于1935年，为纪念中国近代第一所大学北洋大学的建校40周年而谱写的北洋大学校歌，也是由其完成。此校歌由天津大学继承，演唱至今。其中“不从纸上呈空谈, 要实地把中华改造”的歌词，振奋了一代又一代的学子。

　　萧友梅还凭借自己渊博的学识和艺术才华，编撰了一大批音乐教材、论著，并创作有多种体裁的音乐作品。1920年出版了《乐学研究法》，1920-1921年出版了《和声学纲要》，1924一1925年出版了《初级中学乐理教科书》(六册)，1925年出版了《钢琴教科书》、《风琴教科书》，1927年出版了《小提琴教科书》，1928年出版了《普通乐学》与讲义《近世音乐史纲》。20年代初，他陆续创作了一些配有钢琴伴奏谱的艺术歌曲，大都被收录在商务印书馆1922年出版的《今乐初集》、1923年出版的《新歌初集》和1924一1925年出版的《歌集》1一3册中，这些都是我国早期艺术歌曲的代表作和最早出版的作曲家的个人专集。

　　他的创作，以反映青年学生的校园生活和对美好的大自然的心灵感受居多，如《中华好》、《南飞之雁语》、《新雪》、《登高》、《星空》、《杨花》等。有的作品则表达了作者对社会现实的关注和对祖国的深厚感情，如《五四爱国纪念歌》、《国民革命歌》、《国难歌》、《从军歌》，悼念黄兴、蔡锷的《哀悼引》，悼念孙中山的《总理奉安哀辞》等等。他在深研西洋乐理的同时，对中国的传统音乐也很重视，主张“古今中外的音乐都要学习”，“音乐的骨干是一民族的民族性”。他曾谱写了大型合唱曲《春江花月夜》、大提琴曲《新霓裳羽衣舞曲》等，虽不尽完善，却也不难看出音乐家于此所倾注的心力。